Принято считать, что первый хакатон прошел 4 июня 1999 года в канадском городе Калгари. Тогда десяток разработчиков операционной системы OpenBSD собрались для своеобразного «мозгового штурма». Несколько дней спустя такую же тактику применили их коллеги из компании Sun Microsystems на конференции JavaOne, которая ежегодно проходит в Сан-Франциско. В результате новая версия карманного персонального компьютера Palm V обзавелась программным обеспечением, позволяющим использовать инфракрасный порт для связи с другими пользователями и подключения к интернету.